注册水产养殖合作社需要完成以下步骤，综合多个信息源整理如下：

一、前置审批与基础注册名称核准

- 预先核准合作社名称，确保与当地企业名称不重复。

- 农村合作社需通过乡镇农经站统一开具成员身份证明。

工商登记

- 准备材料：

- 设立登记申请书；

- 全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；

- 章程；

- 法定代表人、理事任职文件及身份证明；

- 出资成员签名、盖章的出资清单；

- 成员名册及身份证明复印件；

- 住所使用证明（房产证或租房协议）。

- 提交至当地工商部门，部分地区可网上办理。

组织机构代码证

- 到质量技术监督局办理，费用约108元/证（含工本费及技术服务费）。

二、资质许可与银行开户

防疫合格证

- 到畜牧局办理，需符合动物防疫相关要求。

土地证明

- 到土地管理部门办理，需提供出资明细、房屋产权证明、经营场所证明及村委会盖章。

环境评估证明

- 部分区域需向环保局申请，评估养殖活动对环境的影响。

银行开户

- 携带营业执照、组织机构代码证、税务登记证等材料，选择四大行开基本户。

三、税务登记与后续事项

税务登记证

- 到税务局申领，免收工本费。

社保与公积金

- 通过银行开立基本户后，办理社保、公积金缴纳渠道。

合作社章程完善

- 明确成员权益、经营管理等条款，建议咨询专业机构。

四、注意事项

成员要求：

需满足5人以上，其中农民成员占比不低于80%。

费用预算：全程费用约2600元（不含个体户可能更低的费用）。

政策咨询：具体流程可能因地区政策差异较大，建议提前电话咨询当地工商、税务、畜牧等部门。

以上步骤综合了工商、税务、环保等多部门要求，建议按顺序逐步办理，并保留好所有证明材料以备后续查询。